La mayoría de los topónimos de Trujillo, especialmente de las poblaciones y ríos derivan de hermosos vocablos indígenas, de la etnia Kuikas o Cuicas (palabra que significa: hombres, hermanos) y que ocupaban toda la extensión trujillana y adyacencias en sus diversas parcialidades como los tostoses, niquitaos, burbusayes, guandaes, miquichaes, chejendés, caraches, visupites, isnotúes, mosqueyes, tomopores, misoas, esnujaques, mucutíes, duríes, jajoes, miquimboyes, cajuíes, escacoyes, estiguates y muchos más. Una selección de algunos topónimos indígenas es la siguiente:

BETIJOQUE : Proviene, según Amílcar Fonseca, de Be-tit-shnopá (donde la candela); otros autores contemporáneos señalan que de Pitijoc, que traduciría, cuatro palos. Población del estado Trujillo.

BOCONÓ: Vendría de Jokonó; también se dice que proviene de Kombok, que traduce el río; segunda población del estado Trujillo en cuanto a número de habitantes y un río.

BURBUSAY: Proviene de Butch-ciu-sai (porque el bueno). Población, valle y río.

CARACHE: De Kas-aras-chi (indio no habla); nombre de un caudillo cuicas, de una población y de un río llamado más adelante Monay.

CHEREGüE : Primitivo nombre indígena de lo que es hoy sabana de Mendoza.

ESTOVACUI: Nombre indígena de la meseta donde se estableció el pueblo de San Rafael de Carvajal.

MIQUIMBOX: Amílcar Fonseca deduce que seria la unión de los nombres de dos ríos: mimbox y miquibox, de donde saldría Miquiaminbox o miquinbox

MOCA : Nombre antiguo del valle donde está emplazada la ciudad de Trujillo.

MOMBOY : De smomosh, que traduce, la espuma; también se le menciona Bomboi, Río y valle de Trujillo.

MOTATAN : Nombres primitivo del territorio Cuicas. Designase así a una población y un río.

NIQUITAO : Planta resinosa. Nombre de lugar y de una etnia andina.

SIQUISAY: proviene de Shi-kiu-sai, que traduce: no el bueno.

TOROCOCO : De Ktu-kukok, que significa el carbón.

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